Perguruan Islam Cendekia menyelenggarakan kegiatan ekstrakurikuler untuk menambah pembelajaran, antara lain:
1. Bimbingan belajar
2. Conversation Bahasa Inggris
3. Muhadatsah Bahasa Arab
4. Outbond
5. Pesantren Kilat
6. Study Tour
7. Renang
8. Badminton
9. Tarung Derajat (Taekwondo)
10. Nasyid
11. Senam Otak untuk menyelaraskan otak kiri dan otak kanan.
12. Seni Tari (RA)
13. Manasik Haji (RA)
